水质监测主要有断面采样实验室检测分析和断面自动监测两种方式。传统的水质样品采集主要通过现场人工采集水样、沉淀、分样、加保存剂后储存运输，存在人工投入大、样品采集频次低等问题。随着技术发展，可通过断面自动采样提高自动化水平。
国家重要饮用水水源和重要行政区界断面应提高水质自动在线监测比例，及时掌握水质变化动态。根据监测指标和管理需求等，确定水质自动监测模式和技术装备配置标准。水质在线监测方法适用条件见表
水质在线监测方法适用条件
| 监测站类型 | 监测因子 | 分析方法 | 适用条件 |
| 水质自动监测站(常规站、小型站) | 水温 | 热电阻 | 湖库、河道、行政区界断 面 |
| pH | 玻璃电极法 | ||
| 溶解氧 | 荧光法 | ||
| 电导率 | 电极法 | ||
| 浊度 | 光散射法 | ||
| 氨氮 | 纳氏试剂分光光度法、水杨酸分光光度法 | ||
| 总磷 | 钼酸铵分光光度法 | ||
| 总氮 | 过硫酸钾消解-紫外分光光度法 | ||
| 高锰酸盐指数 | 高锰酸钾氧化法 | ||
| 自动监测断 面(水上浮标站) | 水温 | 热电阻 | 河道、湖库 |
| pH | 玻璃电极法 | ||
| 溶解氧 | 荧光法 | ||
| 电导率 | 电极法 | ||
| 浊度 | 光散射法 | ||
| COD | UV 法 | ||
| 氨氮 | 离子选择性电极 | ||
| 自动监测断面(岸基站) | 水温 | 热电阻 | 地表水趋势监测 |
| pH | 玻璃电极法 | ||
| 溶解氧 | 荧光法 | ||
| 电导率 | 电极法 | ||
| 浊度 | 光散射法 | ||
| COD | UV 法 | ||
| 氨氮 | UV 法 | ||
| 总磷 | UV 法 | ||
| 总氮 | UV 法 |
